Jaak Vilo - [back]

Üliõpilaste juhendamine / Student supervision

Praegused juhendatavad / Current students

For more up to date information please follow the links to BIIT research group, and group members

Doktorandid / PhD students

  • Meelis Kull
  • Jüri Reimand
  • Hedi Peterson
  • Margus Jäger
  • Darja Krushevskaja
  • Liina Kamm
  • Priit Adler
  • Kristo Tammeoja
  • Konstantin Tretjakov

Magistrandid / MSc students

  • Aleksandr Tkatchenko
  • Jaanus Hansen
  • Jaanus Uri
  • Sten Ilmjärv

Põhiõpe / BSc students

  • Laur Tooming
  • Kaur Alasoo
  • Jürgen Jänes

Juhendamisel kaitstud tööd / Student projects finished under my supervision

2009

Sten Ilmjärv (Master of Science, 3+2)
Andres Tiko (MSc 3+2)

2008

Raivo Kolde (Master of Science, 3+2)
Co-expression queries across multiple experiments [PDF]

Konstantin Tretjakov (Master of Science, 3+2)
G=MAT: Linking Transcription Factor Expression with DNA Binding [PDF]

Priidik Vaikla (Bachelor of Science, 3+2)
Projektijuhtimistarkvara loomine BIIT teadusrühma näitel

2007

Priit Adler (Master of Science, 3+2)
Globaalne geeniekspressioonianalüüs üle mitme ekspressiooniandmestiku
Global gene expression data analysis across multiple data sets (in Estonian) [PDF]

Anton Litvinenko (Master of Science, 4+2)
Automatic Prediction of Source Code Contribution Type [PDF]

Darja Krushevskaja (Master of Science, 4+2)
Annotation Driven Hierarchical Clustering Analysis [PDF]

Kristo Tammeoja (Bachelor of Science, 4+2)
Regulaaravaldiste ligikaudne otsimine bitt-paralleelse algoritmi abil

Marten Teino (Bachelor of Science, 4+2)
Uurimisrühmasisene teaduskirjanduse andmebaas [PDF]

Sten Ilmjärv (Bachelor of Science, 3y)
Transkriptsiooni algussaitide kirjeldamine pagaripärmil

Mikk Kard (Bachelor of Science, 4y)
Ajaxi otsimisrakendus kasutades Lucene'i [PDF]

Kristo Tammeoja (Course work)
Regulaaravaldiste ligikaudne otsimine bitt-paralleelse algoritmi abil [PDF]
Approximate Search of Regular Expressions Using Bit-Parallel algorithms (in Estonian)

2006

Kristo Käärmann (Master of Science, 15.09.2006)
Haplotype inference using overlapping segments [PDF]

Jüri Reimand (Master of Science)
Gene Ontology mining tool GOSt [PDF]

Hedi Peterson (Master of Science)
The discovery and characterization of regulatory motifs in Saccharomyces cerevisiae [PDF]

Reina Käärik (Bakalaureusetöö 10ap)
Üldistatud teisenduskauguse rakendamine sõnede sarnasuse hindamiseks [PDF]

Ilja Livenson (Bakalaureusetöö 4ap)
Using Comparative Genomics for Prediction of Regulatory Elements [PDF]

Maarja-Liisa Natus (Bakalaureusetöö 4ap)
Liitsõnade täiskuju leidmine sõnaartiklitest [PDF]

Jaanus Uri (Bakalaureusetöö 4ap)
[PDF]

Reina Käärik (Semestritöö 10ap)
Üldistatud teisenduskauguse arvutamine [PDF]

2005

Deniss Sudak (Magistritöö 20ap)
Design of universal dictionary editor
[Postscript]

Konstantin Tretjakov (Bakalaureusetöö 10ap)
A Linear Model of Genetic Transcription Regulation that Combines Microarray and Genome Sequence Data [PDF]

Jüri Reimand (Bakalaureusetöö 10ap)
Geenide funktsionaalsuse ennustamine ontoloogiate abil [PDF]

Triinu Tasa (Bakalaureusetöö 10ap)
Kaalumaatriksite kasutamine geenide regulatsiooni mõjutavate signaalide kirjeldamiseks ja otsimiseks (bakalaureusetöö 10AP) [PDF]
Kaalumaatriksite rakendusi bioinformaatikas (Semester work)

Jaanus Hansen (Bakalaureusetöö 10ap)
Graafikakeel SWOG [PDF]

Eero Raudsepp (Bakalaureusetöö 10ap)
Bioloogiliste radade andmebaasid [PDF]

Priit Adler (Bakalaureusetöö 4ap)
MikroRNA otsimise algoritmid (bakalaureusetöö 4ap) [PDF]

Janno Veldemann (Bakalaureusetöö 4ap)
Ontoloogiate koostamise põhimõtted [PDF]

Kauri Kägo (Bakalaureusetöö 4ap)
Grid-tööde haldamise vahend bioinfor aatika rakenduse näitel [PDF]

Rainer Tikk (Diplomitöö 5ap)
Veebiteenuste arhitektuur ja sõltumatus platvormidest [failid]

Marten Teino (Semester work 5ap)
Stringide ja mustrite otsimine ja visualiseerimine

Mikk Kard (Semestritöö 5ap)
Interneti otsimootorite kasutajaliidesed

2004

Meelis Kull (Informaatika Magistriväitekiri, avalik kaitsmine 15 juunil 12:45)
Kiire klasterdamine meetrilistes ruumides.
Fast Clustering in Metric Spaces   [PDF], [PDF 2], [Postscript].
MSc thesis, public defence June 15th, 12:45

Hedi Peterson: (Bioinformaatika bakalaureusetöö, kaitsmine 1.06 kl. 11.30)
Geeniregulatsioon andmebaas BiGeR   [PDF].
BSc Thesis (Bioinformatics): Gene regulation Database BiGeR

Andres Vilgota (Bakalaureusetöö)
Mudelipõhine tarkvaraarendus.  [PDF]
Model-Driven Software Development

Jaanika Luik (Bakalaureusetöö)
Geeniontoloogia kasutamine oluliste seoste efektiivseks leidmiseks.  [PDF]
Using GeneOntology to find significant correlations.

Tiit Kaeeli (Diplomitöö)
XML Andmebaasid  [PDF]
XML databases

Marek Zäuram (Diplomitöö)
Kaalumaatriksite algoritmid  [PDF]
Efficient algorithms for matching Position Weight Matrices.

Geily Niinemets (Bakalaureusetöö)
XML põhine klient-server kasutajaliideste arhitektuur  [PDF]
XML based client-server user interfaces

Jüri Reimand - Semestritöö
Kiire hulgaaritmeetika ja rakendused andmekaeves   [PDF]
Set arithmetics and applications in Data Mining

2003

Hedi Peterson: (keskastme lõputöö)
Geeniregulatsioon andmebaas BiGeR   [PDF] (koopia).
Gene regulation Database BiGeR

Andres Vilgota: (semestritöö) (koopia)
Klassimudelil põhineva objekt-relatsioonilise andmebaasiga infosüsteemi loomine.
Using UML conceptual models to persist Java objects in Object-Relational database.
(Kaasjuhendaja: Kristo Käärmann, BSc.)

Argo Kaur: (semestritöö)
Info haldamine XML vahendeid kasutades
Information management using XML

Argo Kaur: bakalaureusetöö / BSc thesis
Sõnastike kui struktureeritud tekstiandmebaaside väljendamine XML vahenditega IT terminoloogiasõnastiku näitel.
Representation of Dictionaries as Structured Text Databases in XML -- a study Based on IT Terminology Dictionary

1993

Külli Kivi (diplomitöö)
Sõnastikud struktureeritud tekstiandmebaasidena
Dictionaries as Structured Textual Databases.

Jaak Vilo,